經(jīng)典案例解讀
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【腫瘤】MiRNA測序解析存在治療響應(yīng)差異的不同亞型彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤miRNA組學(xué)差異
研究背景：
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彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤 (Diffuse large B-cell lymphoma，DLBCL) 是一類侵襲性疾病，是最常見的成人非霍奇金惡性淋巴瘤(NHL)，根據(jù)其不同的細(xì)胞來源和對化療的響應(yīng)的不同可以分為活化B細(xì)胞樣 (ABC) 和生發(fā)中心B細(xì)胞樣(GCB)兩種亞型，其中ABC亞型的病人(30~40%)在現(xiàn)有的初期治療中失敗。
研究目的：
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為研究DLBCL的miRNAome，從miRNA水平開發(fā)新的生物標(biāo)記和治療目標(biāo)，對NHL的臨床管理有重要作用。
研究方法：
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• 92 例DLBCL患者(30 ABC-DLBCL, 41 GCB-DLBCL, 和21 unclassified-DLBCL ) 和15例早期中心母細(xì)胞淋巴瘤的新鮮冰凍樣品進(jìn)行miRNA-seq，篩選差異miRNA和發(fā)現(xiàn)新miRNA。
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• 140 例獨(dú)立的DLBCL 甲醛固定、石蠟包埋(FFPET)組織樣本的miRNA-seq數(shù)據(jù)驗(yàn)證生存分析。
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• 新miRNA的qPCR驗(yàn)證和候選miRNA雙熒光素酶驗(yàn)證。
研究結(jié)果：
圖1 表達(dá)譜聚類分析圖
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1. miRNA-seq在92例DLBCL 和15例中心母細(xì)胞樣本中發(fā)現(xiàn)310個(gè)已知miRNA。同時(shí)鑒定了234個(gè)候選的novel miRNAs，其中30個(gè)高表達(dá)miRNA進(jìn)行后續(xù)分析，表達(dá)圖譜見圖1b，同時(shí)在7,266個(gè)TCGA的miRNA-seq 樣品庫中分析這些miRNA的表達(dá)量，發(fā)現(xiàn)3個(gè)miRNAs (NOVELM00260M, NOVELM00010M和miR-10398-3p) 在B細(xì)胞顯著富集。
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2. 差異分析結(jié)果中63個(gè)miRNA在DLBCL中高表達(dá)，39個(gè)低表達(dá)，同時(shí)也利用TCGA的數(shù)據(jù)集分析了B細(xì)胞和其它癌癥中差異表達(dá)的miRNA。另外，也分析了可以區(qū)分不同亞型DLBCL的差異miRNA，其中23個(gè)在ABC-DLBCL亞型中高表達(dá)，30個(gè)在GCB-DLBCL亞型中高表達(dá)。
圖2 DLBCL中候選miRNA:mRNA的相互作用
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3. 同時(shí)測定這些樣本的mRNA表達(dá)譜，找到候選的miRNA:mRNA調(diào)控互作，并進(jìn)行GO分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)與在DLBCL中高表達(dá)miRNA相互作用的mRNA主要富集在cell cycle, metabolic processes, chromatin modification, protein modification, nerve growth factor signaling pathway和organelle organizaion相關(guān)的通路中(圖2)。
圖3. NMF分析鑒定兩類DLBCL 患者有著不同的miRNA表達(dá)和 outcome特征.
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4. 分析這些miRNA與癌癥患者的總生存期和無進(jìn)展生存期的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)58個(gè)和45個(gè)miRNA分別與OS和PFS相關(guān)，進(jìn)一步進(jìn)行Cox比例風(fēng)險(xiǎn)多變量分析，確定25個(gè)miRNA獨(dú)立于IPI和COO與OS、PFS相關(guān)。同樣在FFPET 組織活檢的驗(yàn)證組樣本中驗(yàn)證了部分在發(fā)現(xiàn)組發(fā)現(xiàn)的一些相關(guān)miRNA
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5. 為進(jìn)一步確定DLBCL患者是否可以通過其miRNA的表達(dá)量進(jìn)行分層，通過無監(jiān)督的非負(fù)矩陣分解(NMF)共識聚類對83例R-CHOP處理患者的miRNA表達(dá)量進(jìn)行分析，可以鑒定出兩類患者 (圖3)，他們有著不同的outcome相關(guān)性和miRNA表達(dá)譜。
