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LncRNA測序技術(shù)簡介
***************************************************************************************************** 技術(shù)簡介： 長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 是一類長度在200-100000 nt之間的RNA分子。它們不參與蛋白質(zhì)的編碼，但是在細(xì)胞內(nèi)起著重要的調(diào)控作用。已有的研究表明lncRNA參與X染色體沉默，基因組印記，表觀遺傳修飾，轉(zhuǎn)錄激活等多種生物學(xué)過程，越來越成為非編碼RNA研究領(lǐng)域的一個(gè)熱點(diǎn)。LncRAN測序就是采用高通量測序技術(shù)結(jié)合生物信息分析，一次性獲得樣本中的lncRNA和mRNA信息，對lncRNA的類別，表達(dá)和功能進(jìn)行深入分析的方法。 技術(shù)優(yōu)勢
應(yīng)用領(lǐng)域
技術(shù)參數(shù)與實(shí)驗(yàn)流程
***************************************************************************************************** 技術(shù)參數(shù)
實(shí)驗(yàn)路線
經(jīng)典文章解讀
***************************************************************************************************** 【復(fù)雜疾病】lncRNA測序解析銀屑病皮膚組織特異性表達(dá)和表觀調(diào)控機(jī)制 研究背景：目前，多數(shù)自身免疫疾病的組學(xué)研究主要關(guān)注點(diǎn)仍然是蛋白編碼mRNA。 研究方法：收集99例銀屑病皮損組織（PP），27例皮損旁正常組織（PN）和90例健康對照皮膚組織(NN)，完成RNA-seq實(shí)驗(yàn)，生物信息學(xué)技術(shù)平臺分析lncRNA的數(shù)據(jù)。 研究結(jié)果：1. 檢測到皮膚特異性lncRNA，已注釋的2942個(gè)，首次報(bào)道的1080個(gè)。 2. 超過40%的新LncRNA存在差異表達(dá)（PP vs. PN；PP vs. NN），而存在差異表達(dá)的mRNA和已注釋lncRNA的比例則相對較低。 3. 很多差異表達(dá)lncRNA與免疫功能相關(guān)基因存在共表達(dá)，并且新lncRNA靶基因呈現(xiàn) 表皮分化復(fù)合物基因富集現(xiàn)象。 研究結(jié)論：很多l(xiāng)ncRNA參與了銀屑病的發(fā)生發(fā)展，本研究為后續(xù)的皮膚lncRNA功能研究提供了重要的參考。 
圖1：本研究的設(shè)計(jì)思路
圖2 不同類型轉(zhuǎn)錄本的皮膚組織特異性
參考文獻(xiàn)：Tsoi L C, Iyer M K, Stuart P E, et al. Analysis of long non-coding RNAs highlights tissue-specific expression patterns and epigenetic profiles in normal and psoriatic skin[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):1-15. |
