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A.    建庫測序流程

B.     數(shù)據(jù)分析流程

經(jīng)典文章解讀
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案例：豬胸膜肺炎放線桿菌基因組的比較研究

背景：革蘭陰性菌胸膜肺炎放線桿菌是豬傳染性胸膜肺炎的病原體。豬傳染性胸膜肺炎是致命的呼吸道傳染病，給養(yǎng)豬業(yè)造成巨大的經(jīng)濟損失。

方法：為了更好地詮釋血清多樣性的遺傳背景，對胸膜肺炎放線桿菌9個標(biāo)準(zhǔn)菌株（1, 2, 4, 6, 9, 10, 11, 12, 13）進行了重測序（14- to 26-fold），結(jié)合已經(jīng)發(fā)表全基因組序列的3個標(biāo)準(zhǔn)菌株（3, 5b, 7），對這12個菌株進行了比較基因組學(xué)分析（表1） ，從而首次報道了這一病原體的全球基因組特征。接著使用非必需基因的差異和1287個單拷貝核心基因型序列鑒定了這12種菌株的親緣關(guān)系。

結(jié)果：

•       通過重測序，平均每個菌株基因組組裝成的contig數(shù)目是59個（范圍在44-89）。所有菌株都包含一個長度2.19-2.33 Mb的環(huán)形染色體基因組，平均GC含量是41%，平均CDSs數(shù)目是2,174 （表2）。
•       胸膜肺炎放線桿菌血清型5b L20菌株和其它11個菌株序列非常同源（圖1）。
•       核心蛋白簇功能分類表明參與翻譯的基因最多（圖2），非核心蛋白與與核心蛋白相比，在參與表面多糖合成和細菌致病過程方面有相對更多的元件 。
•       對胸膜肺炎放線桿菌12個標(biāo)準(zhǔn)菌株進行比較基因組學(xué)分析。12個菌株的26012個CDS用于聚類分析，結(jié)果表明胸膜肺炎放線桿菌泛基因組包括3303個基因簇，其中包含1709個核心基因組基因，822個非必需基因，和772菌株特異性基因（表3）。
•       高毒菌株（1, 5b, 9, 11）所共享而低毒菌株（3）所沒有的54個非必需基因分析表明，分別編碼毒素激活因子ApxIC和結(jié)構(gòu)重組毒素ApxIA的基因均存在于以上這幾個高毒菌株中（表4） 。
•       兩種進化分析方法表明高毒菌株（1, 9, and 11）來自相同的祖先，毒菌株（ 9, 11）都是孤立于荷蘭，因此親緣關(guān)系更近。毒菌株（7, 13）都是孤立于加拿大與匈牙利，因此親緣關(guān)系居第二（圖3）。


參考文獻：Peng Zheng, et al. Genome sequence of the insect pathogenic fungus Cordyceps militaris, a valued traditional chinese medicine. Genome Biology 2011 Nov 23;12(11):R116.