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等位基因特異性表達(dá)不平衡

       等位基因特異性表達(dá)不平衡(Allelic Expression Imbalance,AEI)可以作為表型用于尋找功能順式作用多態(tài)性,同時(shí)可以作為轉(zhuǎn)錄區(qū)的分子標(biāo)記來(lái)觀察同一個(gè)體中不同等位基因的特異性表達(dá)差異。
 
技術(shù)方法:
在雜合子個(gè)體中,分別來(lái)自父親與母親的等位基因,它們?cè)谕患?xì)胞中,處于相同的外部環(huán)境中,在沒(méi)有順式作用多態(tài)性(或特定基因表觀遺傳修飾)的情況下,他們的表達(dá)量應(yīng)該是一樣的。與此相反,個(gè)體的順式作用多態(tài)性會(huì)影響基因的表達(dá)及mRNA的加工,導(dǎo)致等位基因有不同的mRNA表達(dá)量水平,即AEI(等位基因表達(dá)不平衡)。它可以作為一個(gè)綜合所有順式作用因子的定量測(cè)量。另外,當(dāng)目的SNP位點(diǎn)位于轉(zhuǎn)錄區(qū)時(shí),可以直接在總RNA反轉(zhuǎn)錄cDNA中觀察到SNP 不同等位基因的特異性表達(dá)差異,也就是用這個(gè)SNP作為Marker對(duì)兩條不同allele分別進(jìn)行表達(dá)定量。從而觀察在同一雜合子個(gè)體中兩種不同的等位基因型是否對(duì)表達(dá)水平造成了影響,也就是說(shuō)排除了個(gè)體差異和環(huán)境影響之后是否存在由該位點(diǎn)不同基因型所造成的表達(dá)差異。該實(shí)驗(yàn)需要此SNP位點(diǎn)分型為雜合子的個(gè)體的基因組DNA和目的組織細(xì)胞抽提得到的總RNA(或者已經(jīng)反轉(zhuǎn)錄好的cDNA)。實(shí)驗(yàn)中我們將用基因組DNA的兩條allele作為1:1的校正內(nèi)參,觀察目的組織細(xì)胞中的RNA中兩條allele的比例是否偏離1:1,最終判斷是否存在AEI現(xiàn)象,進(jìn)一步確定該位點(diǎn)與表達(dá)水平的關(guān)系。

應(yīng)用領(lǐng)域:
此方法適用于疾病基因組學(xué)、腫瘤基因組學(xué)和藥物基因組學(xué)中的突變功能鑒定工作。
 
檢測(cè)對(duì)象:
雜合子的個(gè)體的基因組DNA和目的組織細(xì)胞抽提得到的總RNA。
 
服務(wù)內(nèi)容:
  1. 課題的設(shè)計(jì)咨詢(xún)包括檢測(cè)位點(diǎn)的選取;
  2. DNA樣本的質(zhì)檢與標(biāo)化;
  3. 所用引物的設(shè)計(jì)、合成與優(yōu)化;
  4. AEI檢測(cè);
  5. 數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估。
     
檢測(cè)實(shí)例:
 
DNA1、2、3表示重復(fù)試驗(yàn),cDNAa、b、c表示不同組織的cDNA樣本。
 
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