等位基因特異性表達(dá)不平衡(Allelic Expression Imbalance,AEI)可以作為表型用于尋找功能順式作用多態(tài)性,同時(shí)可以作為轉(zhuǎn)錄區(qū)的分子標(biāo)記來(lái)觀察同一個(gè)體中不同等位基因的特異性表達(dá)差異。
技術(shù)方法:
在雜合子個(gè)體中,分別來(lái)自父親與母親的等位基因,它們?cè)谕患?xì)胞中,處于相同的外部環(huán)境中,在沒(méi)有順式作用多態(tài)性(或特定基因表觀遺傳修飾)的情況下,他們的表達(dá)量應(yīng)該是一樣的。與此相反,個(gè)體的順式作用多態(tài)性會(huì)影響基因的表達(dá)及mRNA的加工,導(dǎo)致等位基因有不同的mRNA表達(dá)量水平,即AEI(等位基因表達(dá)不平衡)。它可以作為一個(gè)綜合所有順式作用因子的定量測(cè)量。另外,當(dāng)目的SNP位點(diǎn)位于轉(zhuǎn)錄區(qū)時(shí),可以直接在總RNA反轉(zhuǎn)錄cDNA中觀察到SNP 不同等位基因的特異性表達(dá)差異,也就是用這個(gè)SNP作為Marker對(duì)兩條不同allele分別進(jìn)行表達(dá)定量。從而觀察在同一雜合子個(gè)體中兩種不同的等位基因型是否對(duì)表達(dá)水平造成了影響,也就是說(shuō)排除了個(gè)體差異和環(huán)境影響之后是否存在由該位點(diǎn)不同基因型所造成的表達(dá)差異。該實(shí)驗(yàn)需要此SNP位點(diǎn)分型為雜合子的個(gè)體的基因組DNA和目的組織細(xì)胞抽提得到的總RNA(或者已經(jīng)反轉(zhuǎn)錄好的cDNA)。實(shí)驗(yàn)中我們將用基因組DNA的兩條allele作為1:1的校正內(nèi)參,觀察目的組織細(xì)胞中的RNA中兩條allele的比例是否偏離1:1,最終判斷是否存在AEI現(xiàn)象,進(jìn)一步確定該位點(diǎn)與表達(dá)水平的關(guān)系。 應(yīng)用領(lǐng)域: 此方法適用于疾病基因組學(xué)、腫瘤基因組學(xué)和藥物基因組學(xué)中的突變功能鑒定工作。
檢測(cè)對(duì)象:
雜合子的個(gè)體的基因組DNA和目的組織細(xì)胞抽提得到的總RNA。 服務(wù)內(nèi)容:
檢測(cè)實(shí)例:
DNA1、2、3表示重復(fù)試驗(yàn),cDNAa、b、c表示不同組織的cDNA樣本。 |