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多重?zé)晒?限制性內(nèi)切酶酶切片斷長(zhǎng)度多態(tài)分析法

       已知的很多SNP位點(diǎn)正好位于限制性內(nèi)切酶的識(shí)別區(qū)域,針對(duì)這些SNP位點(diǎn)我們就可以使用此方法進(jìn)行SNP分型。尤其是對(duì)于大樣品量的多個(gè)SNP分型來說,此方法的優(yōu)勢(shì)較為明顯。

技術(shù)方法:
 RFLP技術(shù)于1980年由人類遺傳學(xué)家Bostein提出。它是第一代DNA分子標(biāo)記技術(shù)。Donis—Keller利用此技術(shù)于1987年構(gòu)建成第一張人的遺傳圖譜。DNA分子水平上的多態(tài)性檢測(cè)技術(shù)是進(jìn)行基因組研究的基礎(chǔ)。已被廣泛用于基因組遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位以及生物進(jìn)化和分類的研究。RFLP是根據(jù)不同品種(個(gè)體)基因組的限制性內(nèi)切酶的酶切位點(diǎn)堿基發(fā)生突變,或酶切位點(diǎn)之間發(fā)生了堿基的插入、缺失,導(dǎo)致酶切片段大小發(fā)生了變化,通過電泳將其區(qū)分?,F(xiàn)在我們用熒光標(biāo)記其PCR引物,通過測(cè)序毛細(xì)管電泳來精確區(qū)分酶切片段大小,精度可以達(dá)到1bp的差異。通過對(duì)同一個(gè)位點(diǎn)的PCR產(chǎn)物不同SIZE的引物設(shè)計(jì),實(shí)現(xiàn)了多樣本的多重酶切,大大降低了檢測(cè)成本。
我們可以利用限制性內(nèi)切酶的特殊屬性來對(duì)一些SNP進(jìn)行分型。有些SNP多態(tài)位點(diǎn)正好處于限制性內(nèi)切酶的識(shí)別位點(diǎn)處,其中一種多態(tài)對(duì)應(yīng)的PCR擴(kuò)增片斷能夠被相應(yīng)的內(nèi)切酶切動(dòng),而另一種卻不能,因此通過對(duì)酶切后的PCR產(chǎn)物電泳后的片斷長(zhǎng)度分析可知檢測(cè)樣本在該位點(diǎn)處的基因型。如果檢測(cè)SNP位點(diǎn)不存在合適的酶切位點(diǎn),往往可以通過在PCR引物3’端改變個(gè)別堿基引入限制性內(nèi)切酶酶切位點(diǎn),通過這種引物修飾法可以實(shí)現(xiàn)絕大多數(shù)SNP位點(diǎn)的分型都能用RFLP分析來實(shí)現(xiàn)。整個(gè)技術(shù)的示意圖(以KpnI酶切位點(diǎn)SNP為例)如下:

現(xiàn)在我們通過熒光標(biāo)記PCR引物中的一條引物,另一條引物設(shè)計(jì)在序列的不同位置實(shí)現(xiàn)了,多位點(diǎn)擴(kuò)增,多樣本一起酶切,酶切PCR產(chǎn)物通過跑測(cè)序毛細(xì)管電泳將其精確區(qū)分,大大降低其檢測(cè)成本。

應(yīng)用領(lǐng)域:
本方法涉及到很多需要對(duì)突變或者SNP多態(tài)進(jìn)行分型的遺傳研究領(lǐng)域。
 
檢測(cè)對(duì)象:
DNA
 
服務(wù)內(nèi)容:
  1. DNA樣本的質(zhì)檢與標(biāo)化;
  2. 引物的設(shè)計(jì)、內(nèi)切酶的選取以及酶切體系優(yōu)化;
  3. SNP位點(diǎn)分型;
  4. 分型數(shù)據(jù)的結(jié)果判讀。
檢測(cè)實(shí)例:
1. 4個(gè)位點(diǎn),三個(gè)樣本SNP分析圖

2. 1個(gè)位點(diǎn),三個(gè)樣本SNP分析圖

3. 1個(gè)位點(diǎn),一個(gè)樣本SNP分析圖

 
 
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