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宏基因組測(cè)序技術(shù)介紹
***************************************************************************************************** 技術(shù)簡(jiǎn)介 宏基因組（metagenome）是指特定環(huán)境中全部生物（微生物）遺傳物質(zhì)DNA的總和。宏基因組測(cè)序研究就是通過(guò)在一個(gè)自然環(huán)境取樣—一杯海水或一勺泥土，然后對(duì)樣品內(nèi)所有微生物DNA進(jìn)行測(cè)序，其主要目的是分析環(huán)境樣品所包含的全部微生物的群體基因組成及功能和參與的代謝通路，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環(huán)境，微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。 總的來(lái)說(shuō)，宏基因組關(guān)注三個(gè)最核心的問(wèn)題：微生物群落組成；挖掘基因的潛在功能活性；對(duì)基因進(jìn)行功能注釋。 應(yīng)用領(lǐng)域
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
技術(shù)參數(shù)與實(shí)驗(yàn)流程
***************************************************************************************************** 技術(shù)參數(shù)
實(shí)驗(yàn)流程
經(jīng)典文章解讀
***************************************************************************************************** 案例：斷奶推動(dòng)人類嬰兒腸道微生物組成熟 背景：腸道微生物菌群和人類健康息息相關(guān)。但新生兒腸道微生物菌群的確立過(guò)程始終沒(méi)有被系統(tǒng)的研究。本研究通過(guò)新生兒一年生長(zhǎng)期的腸道微生物菌群宏基因組研究，探討了新生兒腸道菌群變化，同時(shí)分析了生產(chǎn)方式和哺育方式對(duì)新生兒腸道菌群的影響。 方法：研究人員收集了瑞典98名母親及其新生兒的糞便樣本，然后在這些嬰兒4個(gè)月和12個(gè)月的時(shí)候再次收集糞便樣本，通過(guò)Illumina Hiseq平臺(tái)宏基因組鳥(niǎo)槍測(cè)序技術(shù)測(cè)定腸道微生物的組成和功能基因。新生兒包括母乳喂養(yǎng)和非母乳喂養(yǎng)組別，順產(chǎn)和破腹產(chǎn)組別。 結(jié)果：
參考文獻(xiàn)：Backhed, F., et al., Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life. Cell Host Microbe, 2015. 17(5): p. 690-703. 
圖一：本研究的摘要（圖片版）
圖二：基于625個(gè)META-OTU繪制母親、新生兒不同生長(zhǎng)期腸道微生物菌群進(jìn)化樹(shù)。
圖三：不同樣本來(lái)源的腸道微生物類群Heat-map。A:順產(chǎn)嬰兒與母親；B:剖腹產(chǎn)嬰兒和母親。
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