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基于家系的基因定位
1. Linkage分析(Linkage軟件包，GeneHunter軟件包，Merlin軟件包)；
2. 單倍型推斷；
3. TDT分析(TDT, S-TDT E-TDT, etc)；
4. FBAT(基于家系的相關(guān)分析)。
基于CASE-CONTROL或者基于群體的相關(guān)分析
1. 單位點分析(Chisquare檢驗，Logistic回歸，Bayes分析,等等)；
2. LD和Hardy Weinberg平衡；
3. 單倍型推斷；
4. 單倍型分析(包括Haplotype Trend回歸)；
5. 群體樣本中包含家系的分析；
6. Genome-wide Association(包括多重檢驗校正)；
7. 基于多次測量的分析。
其它
1. 樣本量計算-POWER analysis
2. 基因芯片數(shù)據(jù)分析
3. 系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建
4. 群體亞結(jié)構(gòu)檢測和相關(guān)分析校正(Genome Control)
5. 群體遺傳學方面：群體參數(shù)計算，組成分分析，MDS,等等
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