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Nature Genetics:首個多囊卵巢綜合征的GWAS結果

課題背景:多囊卵巢綜合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)是一組復雜的癥候群,是因月經(jīng)調(diào)節(jié)機制失常導致,臨床表現(xiàn)為慢性無排卵、月經(jīng)稀發(fā)、閉經(jīng)或月經(jīng)不調(diào)、多毛、肥胖、不孕、卵巢多囊性增大。此綜合征在1935年由Stein及Leventhal首次報道,故又稱之為S -L綜合征(Stein-Leventhal syndrome),好發(fā)于青春期及生育期婦女。PCOS的病因復雜,一般認為與下丘腦-垂體-卵巢軸功能失常、腎上腺功能紊亂、遺傳、代謝等因素有關。少數(shù)PCOS患者有性染色體或常染色體異常,有些還有家族史。2010年12月,來自山東大學,山東再生醫(yī)學研究重點實驗室,上海交通大學,復旦大學等處的研究人員發(fā)表了世界上首個PCOS的全基因組關聯(lián)分析(GWAS)結果,并發(fā)現(xiàn)了3個相關的易感位點:2p16.3 (rs13405728,P= 7.55 × 10-21, OR= 0.71);2p21 (rs13429458, P = 1.73 × 10-23, OR= 0.67);9q33.3 (rs2479106, P = 8.12 × 10-19, OR= 1.34)。這為研究和認識該疾病的發(fā)病機制打下了很好的基礎。該研究成果公布在Nature Genetics雜志上。

所用關鍵技術:SNP芯片、SNP分型。此次研究用于SNP芯片分型的樣本數(shù)是744例PCOS樣本 vs 895例正常樣本。上海天昊目前在芯片分型及后期數(shù)據(jù)分析方面都能協(xié)助客戶很好地完成。另外,此次研究用于芯片后續(xù)驗證的大樣本分別來自兩個不同地區(qū)的隊列,總共近萬人,上海天昊的專利技術SNPscan是目前市場上對于樣本量大于1000,SNP位點數(shù)在48個及其整倍數(shù)的SNP分型實驗中,成本最低的技術,而其成功率和準確性也能保證在百分之九十幾以上。

課題結果和討論,意義:此次研究結果不但有助于研究者們深入解析PCOS的發(fā)病機制,而且為其風險預測、早期防治以及為新型高效藥物的篩選提供了理論依據(jù)和生物靶標。同行研究者除了在不同地區(qū)中加大樣本量進行上述三個位點的驗證工作外,還可以在這三個易感基因座中挑選感興趣的基因進行功能研究。

參考文獻:Genome-wide association study identifies susceptibility loci for polycystic ovary syndrome on chromosome 2p16.3, 2p21 and 9q33.3. Chen Z.J., Zhao H., He L., etal;Nat Genet. 2010.

Abstract Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a common metabolic disorder in women. To identify causative genes, we conducted a genome-wide association study (GWAS) of PCOS in Han Chinese. The discovery set included 744 PCOS cases and 895 controls; subsequent replications involved two independent cohorts (2,840 PCOS cases and 5,012 controls from northern Han Chinese; 498 cases and 780 controls from southern and central Han Chinese). We identified strong evidence of associations between PCOS and three loci: 2p16.3 (rs13405728; combined P-value by meta-analysis P(meta) = 7.55 × 10(-21), odds ratio (OR) 0.71); 2p21 (rs13429458, P(meta) = 1.73 × 10(-23), OR 0.67); and 9q33.3 (rs2479106, P(meta) = 8.12 × 10(-19), OR 1.34). These findings provide new insight into the pathogenesis of PCOS. Follow-up studies of the candidate genes in these regions are recommended.

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