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Nature Genetics:新基因組測序方法確定罕見遺傳病

德國馬普分子遺傳學(xué)研究所及柏林夏洛蒂醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究所的科學(xué)家成功地使用了一種新基因組測序方法——“外顯子組序列世系過濾法”(descent filtering of exome sequence),揭示了Mabry 綜合征病因,這種方法可以同時分析人類基因組的所有基因。該研究成果最先發(fā)表在8月29日《自然遺傳學(xué)》(Nature Genetics)網(wǎng)絡(luò)版上。

馬普分子遺傳學(xué)研究所及柏林夏洛蒂醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究所的科學(xué)家第一次用這種方法對一個家族三個患有罕見智力缺陷(Mabry 綜合征)的孩子進行了檢測。通過對全基因組22,000個基因進行篩查,對它們的序列進行解碼,檢測它們的突變。使用新的生物信息分析方法,將突變候選基因數(shù)限制到兩個,最終確定其中一個基因與Mabry 綜合征有關(guān)。

分析揭示Mabry綜合征存在PIGV基因突變,PIGV基因編碼一種酶,這種酶可與細胞膜的蛋白結(jié)合,參與糖基磷脂酰肌醇錨著點(GPI)的形成。PIGV基因突變可導(dǎo)致堿性磷酸酶與細胞膜不充分結(jié)合。它從細胞膜上分離,在血液中積聚,從而導(dǎo)致血液中堿性磷酸酶水平增高。研究者推測PIGV基因與大腦中許多蛋白質(zhì)的錨定有關(guān),它的功能障礙導(dǎo)致了與Mabry綜合征相關(guān)的智力發(fā)育遲緩。這個結(jié)果表明新的基因組測序方法適用于追蹤基因組個別突變,并確定這些突變是否是罕見疾病的病因。

關(guān)鍵技術(shù)信息:第二代測序技術(shù),外顯子組

專家點評:盡管基因組研究取得了重大進展,但是大部分罕見遺傳性疾病的確切病因仍不清楚。發(fā)現(xiàn)遺傳缺陷是對它們進行最終診斷和發(fā)展新治療方法必要的前提。Mabry綜合征是一種非常罕見的常染色體隱性遺傳病,臨床癥狀為智力發(fā)育遲緩,癲癇和患者血管特征性的改變。此次報道中使用高通量第二代測序技術(shù)對該病突變進行鑒別的研究策略主要適用于家系小的稀有疾病或散發(fā)病例,并且這樣的研究需要大量的科研經(jīng)費支持。而本次研究獲得的結(jié)果有助于分析受累夫妻后代的遺傳風(fēng)險,并對個性化的分子藥物研發(fā)起重要作用。

相關(guān)文獻:Identity-by-descent filtering of exome sequence data identifies PIGV mutations in hyperphosphatasia mental retardation syndrome. Nat Genet. 2010 Aug 29. [Epub ahead of print]

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