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由慕尼黑亥姆霍茲中心的生物信息學(xué)教授Karsten Suhre領(lǐng)導(dǎo)的慕尼黑亥姆霍茲中心生物信息與系統(tǒng)生物學(xué)研究所和慕尼黑大學(xué)的研究人員運用全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）發(fā)現(xiàn)可能與脂代謝異常相關(guān)的9個基因的突變，該項研究成果發(fā)表在Nature Genetics雜志上。 研究概況：研究人員檢測了1809個KORA群體研究（一項德國的基于群體調(diào)查研究的流行病學(xué)、健康經(jīng)濟學(xué)和衛(wèi)生保健研究領(lǐng)域的研究平臺）的參與者血樣中163個代謝產(chǎn)物的濃度，由此產(chǎn)生的代謝譜被用來進(jìn)行基因組范圍的相關(guān)性研究，以尋找共同的基因突變，并在422個英國人中做了驗證。研究人員發(fā)現(xiàn)在9個具有重復(fù)多態(tài)性的基因中，8個基因（FADS1, ELOVL2, ACADS, ACADM, ACADL, SPTLC3, ETFDH, and SLC16A9）的突變位于編碼酶或溶質(zhì)運輸者的基因的內(nèi)部或周圍，這些基因的功能和相應(yīng)的代謝性狀匹配。此外研究人員還發(fā)現(xiàn)5個位點（SLC22A4, CPS1, PLEKHH1, SYNE2, and PHGDH），其中的4個的突變位于編碼酶或溶質(zhì)運輸者的基因的內(nèi)部或周圍，其相應(yīng)的代謝性狀和蛋白的功能匹配。SLC22A4位點和克隆病有關(guān)，F(xiàn)ADSI和多動癥、高膽固醇、高甘油三脂有關(guān)。他們還證實了MTNR1B和GCKR（糖尿病的相關(guān)基因）的相關(guān)性。 專家點評：該研究極大促進(jìn)了早期診斷標(biāo)志物的尋找和嚴(yán)重代謝疾病的治療。與大多數(shù)基因組范圍相關(guān)性研究不同的是，對代謝性狀來說，大多數(shù)相關(guān)性與具有相應(yīng)代謝功能基因的突變有關(guān)；另外，隨著更多代謝譜數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，人類代謝的遺傳突變相關(guān)性研究將進(jìn)一步發(fā)展。 參考文獻(xiàn)：Thomas Illig, Christian Gieger, Guangju Zhai, et al.A genome-wide perspective of genetic variation in human metabolism. Nat Genet,42,137-141(2010) Abstract Serum metabolite concentrations provide a direct readout of biological processes in the human body, and they are associated with disorders such as cardiovascular and metabolic diseases. We present a genome-wide association study (GWAS) of 163 metabolic traits measured in human blood from 1,809 participants from the KORA population, with replication in 422 participants of the TwinsUK cohort. For eight out of nine replicated loci (FADS1, ELOVL2, ACADS, ACADM, ACADL, SPTLC3, ETFDH and SLC16A9), the genetic variant is located in or near genes encoding enzymes or solute carriers whose functions match the associating metabolic traits. In our study, the use of metabolite concentration ratios as proxies for enzymatic reaction rates reduced the variance and yielded robust statistical associations with P values ranging from 3 × 10-24 to 6.5 × 10-179. These loci explained 5.6%–36.3% of the observed variance in metabolite concentrations. For several loci, associations with clinically relevant parameters have been reported previously. |
