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所見即所得!SNP分型助您Oncotarget手到擒來!

700多份血液樣品,一個SNP分型實(shí)驗(yàn),發(fā)表Oncotarget!別急,這個思路完全可以復(fù)制!完全可以復(fù)制!完全可以復(fù)制!

那么下面讓小編帶您解讀一下這篇天昊生物客戶剛剛7月剛剛發(fā)表的文章!

 

題目:The breast cancer susceptibility-related polymorphisms at the TOX3/LOC643714 locus associated with lung cancer risk in a Han Chinese population

 

期刊:Oncotarget                    IF:5.008             發(fā)表時間:2016年7月

 

背景:

  1. 已證實(shí)的基因變異/位點(diǎn)只能解釋一小部分家族遺傳的肺癌患者,找到之前被忽略的其它遺傳風(fēng)險因素對于肺癌診治具有至關(guān)重要的意義。

  2. 位于染色體16p12.1位置的TOX3/LOC643714上的多個SNP位點(diǎn)與乳腺癌的發(fā)病相關(guān)。

  3. 雖然肺癌和乳腺癌產(chǎn)生的病因和機(jī)制并不相同,但兩種癌癥的治療方式非常接近。The MD Anderson Cancer Center (MDACC), the Institute of Cancer Research (ICR), the National Cancer Institute (NCI), and the International Agency for Research on Cancer (IARC)的研究發(fā)現(xiàn),乳腺癌中非常重要的BRCA2突變與肺癌發(fā)病顯著相關(guān)。

 

材料與方法:

材料:352個散發(fā)肺癌病人和407個對照正常人的全血樣品。

方法:天昊專利iMLDR SNP分型檢測16個與乳腺癌相關(guān)的TOX3/LOC643714 SNP位點(diǎn)。

                                             

 

結(jié)果:

  1. rs9933638, rs12443621, rs3104746與肺癌發(fā)病相關(guān);

  2. rs9933638, rs12443621, rs3104746與肺腺癌、肺鱗癌發(fā)病都相關(guān);

  3. 為了找到基因與環(huán)境因素之間是否存在關(guān)聯(lián),分析發(fā)現(xiàn)rs9933638, rs12443621基因型分布在輕度抽煙/重度抽煙病人中存在顯著差異,而rs3104746則不相關(guān)。

 

研究思路擴(kuò)展:

1、跨癌種基因變異研究。最近幾年癌癥研究的大神們在頂級期刊上(IF≥30)發(fā)表了幾十篇跨癌種(pan-cancer)基因變異圖譜的文章。由此可見,利用大神們的組學(xué)數(shù)據(jù),深入挖掘,目的區(qū)域檢測特定基因變異,進(jìn)行跨癌癥基因研究具有非常廣闊的前景,可以多快好省的發(fā)表高影響因子文章。

2、舉一個簡單的例子:任何一種癌癥的轉(zhuǎn)移都必須經(jīng)過上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT),這就意味著多種癌癥的轉(zhuǎn)移基因會有很多的交叉和重復(fù),這就為跨癌種研究提供了一個很好的切入點(diǎn)。

3、乳腺癌的驅(qū)動基因HER2已經(jīng)納入到胃癌的常規(guī)臨檢項(xiàng)目,并已經(jīng)進(jìn)入臨床指南。從另一個層面證實(shí)了跨癌種研究的重要意義,除了驅(qū)動基因、發(fā)病等因素,跨癌種靶向藥的使用是未來會越來越熱門的研究領(lǐng)域。因此跨癌種的目的區(qū)域測序研究靶向藥相關(guān)基因變異也是一個很好的切入點(diǎn)。

4、除了跨癌種的研究以外,也有多種其它復(fù)雜疾病已經(jīng)證實(shí)是癌癥的高風(fēng)險因素,因此在癌癥中檢測其它復(fù)雜疾病基因變異具有很好的研究價值。如糖尿病易感SNP已經(jīng)證實(shí)與結(jié)直腸癌、胰腺癌等多種癌癥相關(guān)。

 

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 參考文獻(xiàn): 

The breast cancer susceptibility-related polymorphisms at the TOX3/LOC643714 locus associated with lung cancer risk in a Han Chinese population,Oncotarget, 2016, Jul 28. doi: 10.18632/oncotarget.10874.

 
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