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—— 應(yīng)用天昊生物專利技術(shù)AccuCopy®研究CNV
復(fù)旦大學(xué)公曉紅教授的科研團(tuán)隊(duì)通過(guò)對(duì)突觸NRXN-NLGN通路中相關(guān)基因的Sanger測(cè)序檢測(cè)突變和DNA拷貝數(shù)檢測(cè)，研究這些基因與中國(guó)自閉癥譜系障礙患者的關(guān)聯(lián)取得的科研成果于2013年2月發(fā)表在PLOS ONE雜志。上海天昊遺傳分析中心檢測(cè)部劉燕博士作為課題合作者、文章作者之一共享了此成果。 研究背景 自閉癥譜系障礙（Autism spectrum disorder,ASD）,是一種較為嚴(yán)重的神經(jīng)發(fā)育障礙性疾病。其核心癥狀就是所謂的“三聯(lián)癥”，主要體現(xiàn)為在社會(huì)性和交流能力、語(yǔ)言能力、儀式化的刻板行為三個(gè)方面同時(shí)具有本質(zhì)的缺損。該病男女發(fā)病率差異顯著，約為4/1，說(shuō)明患病原因和X染色體有關(guān)。 遺傳學(xué)研究顯示，NRXN-NLGN通路上的基因?qū)SD有易感性，包括神經(jīng)連接蛋白編碼基因NLGN3、NLGN4、NRXN1和神經(jīng)元骨架蛋白編碼基因SHANK2、SHANK3。本研究中的選擇對(duì)象為中國(guó)漢人群體，通過(guò)對(duì)NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四個(gè)基因進(jìn)行拷貝數(shù)檢測(cè)和對(duì)NLGN4的調(diào)控區(qū)域測(cè)序，探索這些基因的變異是否與中國(guó)ASD患者的疾病發(fā)生相關(guān)。 研究?jī)?nèi)容 1、相關(guān)樣本的搜集： 搜集285例ASD患兒（246例男性，39例女性）和385例正常對(duì)照。 2、Sanger測(cè)序NLGN4的調(diào)控區(qū)域： 對(duì)285例ASD患兒和384例正常對(duì)照的NLGN4調(diào)控區(qū)域進(jìn)行Sanger測(cè)序，包括上游2000bp啟動(dòng)子區(qū)域、6個(gè)外顯子（含5’/3’UTR和開(kāi)放閱讀框）和10個(gè)外顯子內(nèi)含子的接頭序列。 3、拷貝數(shù)檢測(cè)NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3： 利用AccuCopy® 多重DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)，對(duì)285例ASD患兒進(jìn)行NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四個(gè)基因的外顯子拷貝數(shù)檢測(cè)，通過(guò)Gene Mapper 4.0分析數(shù)據(jù)。 研究結(jié)果 1、NLGN4中，只有一例病人檢測(cè)出了一個(gè)同義突變r(jià)s7049300，無(wú)非同義突變。此測(cè)序?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證了6個(gè)常見(jiàn)的SNPs（啟動(dòng)子區(qū)的rs3810688、3’UTR區(qū)的rs3810688、rs3810686、rs5916269、rs1882260、rs140700235）。對(duì)這6個(gè)常見(jiàn)的SNPs進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，ASD患者和正常對(duì)照的等位基因頻率并沒(méi)有顯著差異。連鎖不平衡分析中，rs3810688、rs3810686、rs5916269、rs1882260具有很強(qiáng)的連鎖不平衡。隨后對(duì)單體型塊進(jìn)行的分析，亦沒(méi)有發(fā)現(xiàn)案例組和對(duì)照組有顯著性的頻率差異。 2、NLGN4拷貝數(shù)檢測(cè)中，男性的拷貝數(shù)值區(qū)域?yàn)?.76-1.22，女性為1.69-2.38，這說(shuō)明所有樣本中的拷貝數(shù)并沒(méi)有發(fā)生變化。NLGN3、SHANK2和SHANK3亦沒(méi)有檢測(cè)到拷貝數(shù)的變化。 研究意義 前人的研究，分別驗(yàn)證了NLGN3/4、SHANK2/3與特定ASD群體有一定的關(guān)系，但是在此研究中，通過(guò)檢測(cè)突變和拷貝數(shù)，均沒(méi)有陽(yáng)性結(jié)果，說(shuō)明在中國(guó)漢人群體中這些基因與患病關(guān)系不大，并不是主要的易感基因。但是由于NLGN3和SHANK2/3并沒(méi)有從測(cè)序水平進(jìn)行變異研究，且最新發(fā)現(xiàn)的與ASD相關(guān)的NRXN3和SHANK1也沒(méi)有進(jìn)行研究，所以中國(guó)患病群體的NRXN-NLGN通路依舊可進(jìn)行深入研究。 研究局限性 之前研究報(bào)導(dǎo)的NLGN4/3是在1500個(gè)ASD病例中發(fā)現(xiàn)的，且頻率很低（<1%）,因此此次的實(shí)驗(yàn)樣本相對(duì)太少了，以致未能發(fā)現(xiàn)罕見(jiàn)突變。 AccuCopy® 多重DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)的優(yōu)勢(shì) 在此實(shí)驗(yàn)中，利用AccuCopy®多重DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行拷貝數(shù)檢測(cè)，可以在一個(gè)體系中對(duì)高達(dá)16個(gè)DNA片段進(jìn)行拷貝數(shù)檢測(cè)，由于體系設(shè)計(jì)同時(shí)存在3個(gè)以上參考基因和內(nèi)參片段，大大降低了檢測(cè)結(jié)果的CV，提高了檢測(cè)的準(zhǔn)確性和數(shù)據(jù)成功率。 根據(jù)“天昊生物論文發(fā)表獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃”的規(guī)定（詳見(jiàn)http://biotech.geneskies.com/ch/news/tongzhi/203.html）：在2013年6月30日之前，對(duì)于公司合作的客戶，應(yīng)用AccuCopy®、 SNPscanTM和CNVplexTM三項(xiàng)新技術(shù)中的一項(xiàng)發(fā)表SCI論文，在論文中方法或致謝部分提到天昊生物專利技術(shù)，給予5000元人民幣的技術(shù)服務(wù)經(jīng)費(fèi)作為獎(jiǎng)勵(lì)。在此，恭喜公曉紅團(tuán)隊(duì)！ 文章信息 Yanyan Liu, Yasong Du, Wenwen Liu, Caohua Yang, Yan Liu, Hongyan Wang, Xiaohong Gong. Lack of Association between NLGN3, NLGN4, SHANK2 and SHANK3 Gene Variants and Autism Spectrum Disorder in a Chinese Population. PLoS ONE. Available online on 26 Feb 2013. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23468870  |
