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————MK2 CNV-30450可作為肺癌發(fā)病和預(yù)后的分子標(biāo)志物
 雜志：The American Journal of Human Genetics （IF 11.68） 研究對(duì)象：肺癌 思路： 1、選基因：MAPKAPK2 分析肺癌的環(huán)境因素包括：吸煙，空氣污染，放射性損傷，這些因素都會(huì)刺激細(xì)胞從而激活MAPK 通路（該通路調(diào)控細(xì)胞凋亡、炎癥反應(yīng)和腫瘤發(fā)生），因此該通路中基因發(fā)生變異會(huì)影響癌癥的發(fā)生。MAPKAPK2 屬于 p38 MAPK 通路（參與調(diào)控細(xì)胞外信號(hào)，包括氧化應(yīng)激、輻射、炎癥、基因毒性和感染），已有研究證實(shí) MAPKAPK2 基因參與致癌和腫瘤生長(zhǎng)及侵襲，因此我們推測(cè)MAPKAPK2 基因變異會(huì)影響患癌風(fēng)險(xiǎn)和預(yù)后。 PS：注意分析自己研究疾病的參與通路，積極利用已有研究成果做參考并作合理推測(cè) 2、明確檢測(cè)區(qū)域： 參考數(shù)據(jù)庫(kù)Database of Genomic Variants (DGV）查詢結(jié)果顯示，MAPKAPK2 基因上曾經(jīng)報(bào)導(dǎo)過(guò)3 個(gè)CNV：g.CNV-2091（頻率15/269 =0.055 ），g.CNV-30450（頻率6/30 = 0.20），g.CNV-71062（頻率1/39=0.026 ）。考慮到頻率的情況，最終僅選擇g.CNV-30450 （頻率6/30= 0.20）作為研究區(qū)域，該區(qū)域位于基因的啟動(dòng)子區(qū)，跨度1.7K。 PS：參考數(shù)據(jù)庫(kù)挑選目的區(qū)域，參考時(shí)注意數(shù)據(jù)庫(kù)里的CNV 報(bào)道大部分來(lái)自芯片結(jié)果，并要注意種族和疾病背景等信息。文章提及的信息并不完全，可能的思考過(guò)程還有：該基因所在區(qū)域涉及拷貝數(shù)變異大小為：206.9M Variation_2091 涵蓋4 個(gè)基因，因此實(shí)際發(fā)生在MAPKAPK2 基因上的拷貝數(shù)變異頻率可能更低
3、樣本采集： 至少分三個(gè)梯隊(duì)（南部2112+東部1126+南部1551），樣本梯隊(duì)1 用于初步篩查，樣本梯隊(duì)2 和3 則用于驗(yàn)證，此時(shí)的結(jié)果才更具有代表性和真實(shí)性。 4、檢測(cè)技術(shù)： 采用1 種方法篩查，經(jīng)過(guò)不同技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證結(jié)果的一致性 TaqMan real-time quantitative PCR (qPCR) Applied BioSystems (catalog no. Hs01173160, AccuCopy assay(a multiple competitive real-time PCR) by Genesky Bio-Tech (Shanghai, China) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 PS：2 種不同方法相互驗(yàn)證即可，至于文章中SNP Array 6.0 ，我想應(yīng)該是作者的科研團(tuán)隊(duì)恰好有這方面數(shù)據(jù)而不是特意為驗(yàn)證而做一批芯片檢測(cè) 5、篩查結(jié)果： 4 拷貝：增加患肺癌風(fēng)險(xiǎn)，并且預(yù)后不良，生存期短 PS：一期檢測(cè)患肺癌風(fēng)險(xiǎn)，后續(xù)增加臨床預(yù)后樣本（1137+296+331）。OR 值和P 值結(jié)合起來(lái)看 6、功能驗(yàn)證： 因?yàn)闄z測(cè)的區(qū)域人群分子流行病學(xué)結(jié)果顯示拷貝重復(fù)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，而該區(qū)域位于MAPKAPK2 啟動(dòng)子區(qū)，值得在功能學(xué)上進(jìn)行驗(yàn)證和解釋。 luciferase assays：雙熒光素酶報(bào)告載體，3 個(gè)人細(xì)胞系16HBE, A549, and NC1-520 mRNA和蛋白定量：SYBR-Green real-time PCR 和western blot，32 例初期肺癌組織 |
